Die Funktion von Isolatoren ist gerichtet, wie in Fruchtfliegenexperimenten entdeckt wurde. gypsy wurde in den gelben Locus y von Drosophila melanogaster eingeführt, was zu einer Inaktivierung des y-Gens in einigen Geweben führte, aber das y-Gen war in einigen Geweben immer noch aktiv, da an einem Ende des gypsy eine Isolatorsequenz vorhanden war. gypsy hat unterschiedliche Wirkungen auf die Genaktivität, wenn gypsy an verschiedenen Stellen im y-Lokus eingefügt wird. Dies liegt daran, dass die Aktivität des y-Gens durch vier Enhancer reguliert wird. Wenn der Isolator direkt stromaufwärts des Promotors eingefügt wird, blockiert er die Aktivierung von Genen in den Geweben der Flügelblätter und der Körperkutikula (vom stromaufwärts gelegenen Enhancer). Blockierte aber nicht die Expression des y-Gens (vom nachgeschalteten Enhancer) in den Borsten und Farsal-Klauen.
Da einige Enhancer stromaufwärts und einige stromabwärts des Promotors sind, hängt die Wirkung des Isolators nicht von der Position des Isolators relativ zum Promotor ab. Daher wird der Grund für die Richtwirkung des Isolatoreffekts nicht wirklich verstanden. Es wurde festgestellt, dass zwei Loci die Isolatorfunktion auf transaktivierende Weise beeinflussen. Das durch das S2J(Hw)-Gen codierte Nukleoprotein erkennt den Isolator und erst nachdem der Isolator daran gebunden hat, wirkt es isolierend. Ist dieses Gen mutiert, geht die Isolationswirkung trotz Einbau eines Isolators in den y-Lokus verloren und y wird in allen Geweben exprimiert. Ein weiterer Locus ist mod(mdg 4). Nach der Mutation dieses Gens ist seine Wirkung genau entgegengesetzt zu Su(Hw), das heißt, diese Mutanten verstärken die Isolationswirkung, wodurch die Isolationswirkung des Isolators nicht mehr gerichtet und erweitert wird, dh die Wirkung von Enhancern auf beide blockiert wird stromaufwärtige und stromabwärtige Seite.
